Les savants allemands et français du XVIe siècle vont produire des textes novateurs qui vont faire naître l'ornithologie. Guillaume Rondelet décrit ses observations en Méditerranée, William Turner publie le premier livre consacré uniquement aux oiseaux et sous une forme moderne, Conrad Gessner reprend méthodiquement les connaissances sur les oiseaux connus. Pierre Belon produit un ouvrage novateur par les nouvelles espèces décrites et par l'originalité de ses observations notamment anatomiques, mais ne tire aucune conclusion sur les similarités entre les squelettes aviaires et humain. Belon commet également des erreurs remarquables comme de placer les chauves-souris parmi les oiseaux mais cet ouvrage est éclipsé de son temps par celui de Gessner.Running sneakers | 【国内5月1日発売予定】アンディフィーテッド × ナイキ コービー 5 プロトロ "ホール オブ フェイム" メタリック ゴールド/フィールド パープル-マルチ カラー (DA6809-700) - スニーカーウォーズ L'ouvrage de William Turner sort à Cologne en 1544 et décrit précisément les espèces d'oiseaux cités par Aristote et Pline l'Ancien. Vers 1555, Gessner publie le troisième volume de 779 pages de Historiae animalium consacrées aux oiseaux. Belon écrit son Histoire de la nature des oyseaux, avec leurs descriptions et naïfs portraicts retirez du naturel en 1555. Ulisse Aldrovandi, réalise une encyclopédie naturaliste en 14 volumes, dont 3 consacrés aux oiseaux, le premier consacré aux oiseaux terrestres utilisés dans l'alimentation humaine, le second aux oiseaux chanteurs et le troisième au oiseaux aquatiques. Il publie au total plus de 2000 pages entre 1599 à 1603.
Au XVIIe siècle, les œuvres changent de tons. Écrites en langue locale, les observations sont plus précises et tiennent davantage compte de l'environnement des oiseaux. Ces œuvres ne se contentent plus d'étudier les spécimens de collections. L'œuvre The Natural History and Antiquities of Selborne de Gilbert White en est bon exemple : c'est le premier ouvrage où des noms différents sont attribués à des espèces ayant la même apparence, notamment parmi les Warblers (soit grosso modo les pouillots). Francis Willughby et John Ray conçoivent le premier grand système de classification scientifique pour les oiseaux : ils se fondent sur la morphologie et la fonction plutôt que sur la forme ou le comportement. Le Ornithologiae libri tres de Willughby est publié en 1676 puis complété par Ray ; il est considéré comme marquant le début de l'ornithologie. De nouveaux termes, forgés sur des racines latines, vont être créés et passer dans le langage populaire comme palmipède, échassier. D'autre part, la nature des études va changer avec l'apparition des armes à feu, la création du concept d'Histoire naturelle et la constitution de collections de taxidermie ou d'œufs aux services des scientifiques. À partir du milieu du XVIIIe siècle, les collections deviennent cabinets de curiosités puis muséums et la taxonomie devient une des spécialités de ceux-ci. La classification proposée par Carl von Linné dans sa sixième édition de Systema Naturæ en 1748 est fondée sur la forme du bec et des points de références des pattes. Il classe les oiseaux dans six grands ensembles (les Accipitres, les Picae, les Anseres, les Grallae, les Gallinae, les Passeres) pour répondre, harmonieusement, aux six ensembles qu'il utilise pour classer les mammifères. En 1750, Jacob Theodor Klein dans son Historiae avium prodromos reprend ce système mais bouscule considérablement la classification. Il détaille dans son second livre Stemmata avium publié en 1759 précisément la forme des pattes de la tête et de la langue de oiseaux. La version finale de Linné sera publié en 1758. De nombreux ouvrages décrivant les espèces vivant dans des zones précises apparaissent comme ceux de Thomas Pennant et John William Lewin pour la Grande-Bretagne, John Latham pour les espèces rencontrée par James Cook lors de son second voyage, Mark Catesby au sud des États-Unis, François Levaillant avec l'aide de Coenraad Jacob Temminck qui collecte pour lui des oiseaux en Afrique publie son Histoire naturelle des oiseaux d'Afrique en six volumes, Joseph Franz Jacquin pour l'Amérique centrale. À la fin de ce siècle, Mathurin Jacques Brisson et Buffon, en France, publient des ouvrages importants. En 1770, dans son Histoire naturelle des Oiseaux Buffon adhère aux thèses migrationnistes et entraîne ainsi l'opinion de ses contemporains même si certaines réticences demeurent. Brisson publie un ouvrage en 6 volumes en 1760 tandis que neuf des volumes de l’Histoire naturelle générale et particulière de Buffon sont consacrés aux oiseaux. Louis Jean Pierre Vieillot passe dix ans à étudier les oiseaux d'Amérique du Nord et a écrit l'Histoire Naturelle des oiseaux de l'Amérique septentrionale entre 1807 et 1808. Vieillot est pionnier dans la classification des milieux et des habitudes de vie. Petit à petit, la classification va se perfectionner grâce notamment aux travaux sur l'embryologie ou l'anatomie comparée comme ceux de Félix Vicq d'Azyr (1748-1794) et Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (1772-1844). En 1817, Cuvier a proposé une classification qui divisait les Oiseaux en six ordres : 1. Oiseaux de proie, 2. Passereaux, 3. Grimpeurs, 4. Gallinacés, 5. Échassiers, 6. Palmipèdes. À la différence de Cuvier, Blainville en 1816 avait ajouté à ces divisions trois ordres supplémentaires : Perroquets, Pigeons et Autruches.